La colitis ulcerosa afecta a la mucosa del intestino grueso y las lesiones pueden ir desde el recto a todo el intestino grueso. En general, la afectación es uniforme. Por el contrario, la enfermedad de crohn puede lesionar el intestino delgado, el intestino grueso o ambos y la afectación se intercala en áreas afectadas y en otras de intestino sano. En ambos casos debe realizarse una valoración nutricional del paciente.